Mis à jour le 17 août 2026
Le premier arrêt maladie d'un salarié met souvent une TPE en difficulté administrative, non par la complexité du droit mais par l'empilement de trois régimes : ce que verse l'Assurance Maladie, ce que doit l'employeur, et ce que prévoit la convention collective. Les trois se combinent, et l'erreur classique consiste à traiter le deuxième comme s'il annulait le premier.
Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) sont égales à 50 % du salaire journalier de base, lui-même obtenu en divisant la somme des trois derniers salaires bruts précédant l'arrêt par 91,25. Elles sont versées à partir du 4e jour d'arrêt : les trois premiers jours constituent le délai de carence de la Sécurité sociale.
Le salaire journalier de base retenu est plafonné, ce qui borne l'indemnité. En 2026, le montant maximal de l'IJ maladie dans le cas général est de 42,97 € par jour. Pour mémoire, les plafonds diffèrent selon la nature de l'arrêt : 104,02 € par jour pour la maternité, la paternité, l'adoption et le deuil, 240,49 € pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, porté à 320,66 € à partir du 29e jour d'arrêt.
Ce plafonnement est la donnée la plus souvent sous-estimée : dès qu'un salarié gagne plus d'environ 2 550 € bruts par mois, l'IJSS ne représente plus 50 % de son salaire réel mais une fraction inférieure, et le coût du complément à la charge de l'employeur augmente d'autant.
Le code du travail impose à l'employeur une indemnité complémentaire, sous condition d'un an d'ancienneté dans l'entreprise. Elle porte la rémunération à 90 % du brut que le salarié aurait perçu pendant les 30 premiers jours, puis aux deux tiers (66,66 %) pendant les 30 jours suivants. Ces durées s'allongent avec l'ancienneté, jusqu'à 90 jours par période.
Cette indemnité légale n'est due qu'après un délai de carence de 7 jours propre à l'employeur : le versement commence donc au 8e jour de l'arrêt, sauf disposition conventionnelle plus favorable. Elle est calculée après déduction des IJSS et, le cas échéant, des prestations de prévoyance financées par l'employeur.
Beaucoup de conventions collectives sont nettement plus favorables : maintien intégral du salaire net, suppression du délai de carence, ancienneté requise réduite. La convention collective prime dès qu'elle est plus favorable — vérifier son texte est la première chose à faire, avant tout calcul.
Sans subrogation, l'Assurance Maladie verse les IJSS directement au salarié, et l'employeur ne lui règle que son complément. Avec la subrogation, l'employeur maintient le salaire et perçoit les IJSS à la place du salarié.
| Sans subrogation | Avec subrogation | |
|---|---|---|
| Bénéficiaire des IJSS | Le salarié | L'employeur |
| Ce que verse l'employeur | Le complément seul | Le salaire maintenu |
| Trésorerie du salarié | Dépend du délai de la CPAM | Lissée, pas de rupture |
| Charge administrative | Faible | Suivi des versements CPAM |
La subrogation est de droit lorsque l'employeur maintient tout ou partie du salaire à un niveau au moins égal aux IJSS ; elle est demandée sur l'attestation de salaire. Elle protège la trésorerie du salarié et simplifie le bulletin de paie, au prix d'un suivi des remboursements de la CPAM — qui doivent être rapprochés poste par poste, faute de quoi des IJSS non encaissées passent inaperçues pendant des mois.
Le salarié dispose de 48 heures pour transmettre son avis d'arrêt de travail. L'employeur doit ensuite établir l'attestation de salaire et la transmettre à la caisse, en pratique via la DSN — c'est ce document qui déclenche le calcul et le versement des IJSS. En cas de prolongation, une nouvelle attestation est nécessaire. Le signalement d'arrêt de travail en DSN est le canal normal : un retard de signalement retarde mécaniquement l'indemnisation du salarié.
Pendant l'arrêt, le contrat de travail est suspendu mais non rompu. Le salarié continue d'acquérir des congés payés au titre de la maladie non professionnelle, dans les conditions issues de la réforme de 2024 — ce qui a des conséquences directes sur le calcul de la provision pour congés payés. La mutuelle collective doit par ailleurs être maintenue selon les termes du contrat.
En l'absence de subrogation, les IJSS n'apparaissent pas en paie : le bulletin ne comporte que l'absence et le complément employeur. Avec subrogation, le salaire maintenu est traité normalement et les IJSS encaissées viennent en produit, généralement en compte 6414 par déduction ou en 7587 selon le plan de comptes retenu — l'essentiel est la cohérence dans le temps et le rapprochement systématique avec les décomptes de la CPAM.
Point souvent négligé : les IJSS perçues par subrogation ne sont pas soumises aux cotisations sociales, mais elles supportent la CSG et la CRDS aux taux applicables aux revenus de remplacement. Le paramétrage du logiciel de paie doit distinguer les deux, sans quoi l'écart apparaît au moment du contrôle. Un contrôle Urssaf vérifie fréquemment ce point.
Pour un salarié à 2 000 € bruts mensuels, le salaire journalier de base ressort à 65,75 € et l'IJSS à 32,87 € — sous le plafond. Le complément journalier nécessaire pour atteindre 100 % du salaire est donc d'environ 32,88 €, soit près de 1 000 € pour un mois complet d'arrêt. Un contrat de prévoyance collective permet de transférer une partie de cette charge ; c'est le prolongement naturel de la réflexion menée sur la prévoyance.
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Sources : ameli.fr, « Montants maximum des indemnités journalières (IJ) », mise à jour du 1er juin 2026 (42,97 € / 104,02 € / 240,49 € / 320,66 €) ; ameli.fr, « Arrêt de travail pour maladie : les indemnités journalières du salarié » ; code du travail, articles L. 1226-1 et D. 1226-1 et suivants ; service-public.fr, fiche F3053 ; code de la sécurité sociale, article R. 323-4. À jour au 17 août 2026.