Mis à jour le 27 juillet 2026
Le médecin libéral relève d'un cadre comptable et fiscal bien à lui : bénéfices non commerciaux, exonération de TVA sur ses actes de soins, et — pour le secteur 1 — des assouplissements spécifiques. Comprendre ces règles évite les erreurs de déclaration et les cotisations mal calibrées. Voici l'essentiel, à jour des règles 2026.
Les honoraires d'un médecin exerçant en libéral sont imposés dans la catégorie des bénéfices non commerciaux (BNC), au titre de l'impôt sur le revenu (BOFiP, série BNC). Contrairement au commerçant qui relève des BIC, le médecin tient en principe une comptabilité de trésorerie : les recettes sont enregistrées quand elles sont encaissées et les dépenses quand elles sont payées. Notre guide trésorerie ou engagement explique cette logique et ses exceptions.
Deux régimes coexistent. En dessous du seuil du micro-BNC, le médecin peut relever du régime déclaratif spécial, avec un abattement forfaitaire représentatif de frais et une simple mention des recettes sur la déclaration de revenus n° 2042. Au-delà, ou sur option, il relève du régime de la déclaration contrôlée, qui suppose la tenue d'une comptabilité et le dépôt d'une déclaration n° 2035. La déclaration contrôlée permet de déduire les frais réels (loyer du cabinet, matériel, cotisations, personnel) et de constater les amortissements — souvent plus favorable pour un médecin installé avec des charges significatives.
Les soins dispensés aux personnes par les membres des professions médicales et paramédicales réglementées sont exonérés de TVA (BOFiP, série TVA-CHAMP, article 261, 4-1° du CGI). Concrètement, le médecin ne facture pas de TVA sur ses consultations et actes de soins, mais il ne récupère pas non plus la TVA sur ses achats professionnels. Attention : certaines activités accessoires sans finalité thérapeutique (expertises, certains actes esthétiques, formation, location de matériel) peuvent être imposables à la TVA et suivre alors le régime de droit commun, avec ses seuils de franchise en base.
À retenir : l'exonération de TVA vise l'acte de soins à finalité thérapeutique. Dès qu'un médecin développe une activité annexe hors soins, il doit vérifier son assujettissement à la TVA — c'est une source fréquente de régularisation.
Les médecins conventionnés du secteur 1, qui pratiquent les tarifs de la convention, bénéficient d'assouplissements réservés à leur situation, tant pour la détermination du résultat fiscal que pour leurs obligations comptables (BOFiP, série BNC-SECT). Par ailleurs, les rémunérations perçues au titre de la permanence des soins dans les zones concernées peuvent être exonérées : pour un médecin au réel, le montant exonéré se porte en « Divers à déduire », à la ligne CI « dont exonération permanence des soins des médecins » de l'imprimé n° 2035-B ; pour un médecin au micro-BNC, ces recettes exonérées sont retranchées des recettes déclarées (source : BOFiP).
Le médecin libéral cotise à l'Urssaf pour la maladie et les allocations familiales, et à la CARMF (Caisse autonome de retraite des médecins de France) pour la retraite et la prévoyance. Les cotisations reposent sur le revenu professionnel : elles sont d'abord appelées sur une base provisionnelle, puis régularisées une fois le revenu réel connu. La CARMF permet, sur demande via l'espace personnel eCARMF, de calculer la cotisation du régime de base sur les revenus estimés de l'année en cours — utile en cas de forte variation d'activité. Une comptabilité tenue à jour est la condition d'un calcul juste de ces cotisations.
Au-delà de la déclaration 2035, l'accompagnement porte sur la ventilation correcte des recettes exonérées, le suivi des amortissements du matériel médical, l'optimisation du couple recettes/charges et la cohérence entre déclarations fiscales et bases sociales. L'adhésion à une association de gestion agréée reste un réflexe courant pour sécuriser la déclaration contrôlée.
Chez ExpertComptable.ai, la comptabilité de trésorerie, la déclaration 2035 et le suivi des bases sociales du médecin sont produits automatiquement, puis supervisés et signés par un cabinet inscrit à l'Ordre des experts-comptables. Les éléments ci-dessus sont informatifs et doivent être confrontés à votre situation. Voir nos tarifs ou rejoindre la liste d'attente.